11 กรกฎาคม 2564 ตามที่มีการการเผยแพร่คลิปวิดีโอที่เสนอข้อมูลว่า รัฐบาลเรียกเก็บภาษีวัคซีนโมเดอร์นา รวมแล้วสูงกว่า 100% ทางศูนย์ต่อต้านข่าวปลอมได้ดำเนินการตรวจสอบข้อเท็จจริงกับ กรมศุลกากร กลุ่มสารนิเทศการคลัง และกรมสรรพากร กระทรวงการคลัง พบว่าประเด็นดังกล่าวนั้น เป็นข้อมูลเท็จ
กรณีการให้ข้อมูลว่ารัฐบาลเรียกเก็บภาษีวัคซีนโมเดอร์นา รวมแล้วสูงกว่า 100% ทำให้ประชาชนต้องแบกรับภาษีมูลค่าเพิ่ม จากการที่จะต้องถูกโรงพยาบาลเอกชนเรียกเก็บภาษีมูลค่าเพิ่มนั้น
ทางกรมศุลกากร กลุ่มสารนิเทศการคลัง กระทรวงการคลังได้ตรวจสอบและชี้แจงว่า ไม่มีการเรียกเก็บภาษีนำเข้าวัคซีนทุกประเภทตามที่มีกระแสข่าวตามสื่อสังคมออนไลน์ โดยปัจจุบันการนำเข้าวัคซีนและอุปกรณ์การแพทย์ต่างๆ ได้รับการยกเว้นการเก็บภาษีนำเข้าให้เหลือ 0% ทั้งหมดอยู่แล้ว
นอกจากนี้ ที่ผ่านมา ครม.ได้มติเห็นชอบให้ขยายเวลายกเว้นอากรศุลกากรสำหรับของที่นำเข้ามาใช้ในการรักษา วินิจฉัย หรือป้องกันโรคติดเชื้อไวรัสโควิด-19 ตามรายการที่กระทรวงสาธารณสุขกำหนด เพื่อดูแลและเยียวยาผลกระทบจากการแพร่ระบาดของโควิด-19 ซึ่งจะทำให้ไม่ต้องเสียอากรนำเข้า จนถึงเดือนมีนาคม 2565
และทางกรมสรรพากร กระทรวงการคลังได้ให้ข้อมูลเพิ่มเติมว่า ตามมาตรา81 (1)(ญ) แห่งประมวลรัษฎากร การให้บริการรักษาพยาบาลของสถานพยาบาลตามกฎหมายว่าด้วยสถานพยาบาล ได้รับการยกเว้นภาษีมูลค่าเพิ่ม
ดังนั้นโรงพยาบาลเอกชน จึงได้รับการยกเว้นภาษีมูลค่าเพิ่ม และจะไม่สามารถเรียกเก็บภาษีมูลค่าเพิ่มจากวัคซีนทางเลือก ที่ให้บริการแก่ประชาชนได้ สำหรับผู้ประกอบการที่อยู่ในระบบภาษีมูลค่าเพิ่ม เมื่อมีภาษีซื้อที่เกิดจากต้นทุนการซื้อ สามารถนำมาขอคืนภาษีมูลค่าเพิ่มได้ตามปกติ ซึ่งกรมสรรพากรจะรีบดำเนินการคืนให้โดยรวดเร็ว
สำหรับภาษีเงินได้นิติบุคคลของโรงพยาบาลเอกชน หากโรงพยาบาลเอกชนมีกำไรจากการประกอบการ ก็เป็นหน้าที่ปกติของผู้ประกอบการโรงพยาบาลเอกชนที่จะต้องเสียภาษีเงินได้จากกำไรเช่นเดียวกับผู้ประกอบการอื่น ๆ